و يعمل الحمض الموجود في الليمون يعمل على مهاجمة مينا الأسنان ويزيد من حساسية الأسنان، كما يمكن أن تظهر مشاكل الحامض الموجود في الليمون في المعدة؛ حيث يؤدي إلى ما يعرف باسم مرض الجزر المعدي المريئي، وذلك بارتجاع حمض المعدة إلى المريء، ويظهر ذلك في شكل أعراض الحرقة الشديدة والشعور بالغثيان والقيء، وفق (العين الإخبارية).
وأظهرت دراسات علمية أن قشور الليمون في بعض الأحيان كانت ملوثة بالبكتيريا الضارة، مثل فيروس E. Coli، الذي يمكن أن يسبب الإصابة بالقيء والإسهال، ولتقليل خطر الإصابة بالعدوى يجب دائما غسل قشور الليمون بالماء الساخن.
ومن المشاكل التي قد تحدث أيضا بسبب الإكثار من تناول عصير الليمون إبطاء شفاء الالتهابات الموجودة في الفم والتسبب في نوبات الصداع النصفي.